Santo Stefano è nato a Costantinopoli nel mese di settembre del 715 e fu battezzato dal patriarca Germano di Cizico. Nel 731, decise di abbracciare la vita monastica sulla famosa collina di San Aussenzio, vicino alla capitale imperiale, sotto la guida del Venerabile Giovanni. Quando Giovanni morì nel 743 o 746, il Santo ereditò la sua cella.
Nel 741 Costantino V, il Copronimo, successe al padre Leo nel governo dell'impero e nel 754 convocò un sinodo contro la venerazione delle iconi, decretando di fatto la persecuzione e l'esilio per coloro che si opponevano. Stefano in qualità di monaco e di difensore delle iconi fu esiliato insieme a molti altri.
Nel 764, nel pretorio di Costantinopoli furono radunati circa trecento confessori che venivano da tutte le parti dell'impero. Tra di loro vi era Stefano e alcuni di questi avevano il naso tagliato, altri le orecchie mozzate, altri gli occhi bruciati, le mani tagliate e tutti insieme furono condannati. Undici mesi dopo questa sentenza di condanna, il 28 novembre 765, Stefano fu trascinato fuori dal carcere, portatto in una piazza, gettato a terra con le mani legate, picchiato con bastoni e lapidato come il protomartire Stefano, per il quale fu chiamato il "Nuovo Stefano" fino a ricevere la morte per mano di un certo Filomattio che con questo gesto cercava i favori dell'imperatore.