San Sofronio nacque da genitori pii e saggi a Damasco, in Fenicia, attorno al 550. Dotato di una buona intelligenza, ebbe un'ottima formazione letteraria, sia laica che religiosa. Intorno a 578 fece visita alla Laura di San Teodosio e poi si recò ad Alessandria d'Egitto, dove poté incontrare e stringere una duratura amicizia con Giovanni Mosco, monaco assieme al quale scrisse numerosi testi agiografici.
Nel 580 Sofronio si fece monaco e accompagnato da Giovanni Mosco, tra il 600 e il 606, viaggiò in tutta la Palestina e la Siria. Nel 606, in seguito all'invasione persiana della Palestina, ritornò ad Alessandria, dove, reso ormai cieco da una malattia agli occhi, trovò la guarigione dopo aver fatto visita alla tomba dei santi Ciro e Giovanni, e per mostrare la sua gratitudine scrisse tutti i miracoli da loro operati.
Nel 614, dopo la conquista della Città Santa dai Persiani, partì per Roma con Giovanni Mosco che lì morì. In 619 Sofronio tornò alla Laura di San Teodosio, portando con sé i resti del suo amico e maestro. Nel 628 partì di nuovo per Alessandria d'Egitto dove conobbe san Giovanni l'Elemosiniere. Di questo periodo è rilevante la sua attività di denuncia contro l'eresia del monotelismo. Nel 634 per via delle sue conoscenze e delle sue grandi virtù, venne eletto Patriarca di Gerusalemme, ma nel 637 la città cadde sotto il califfo Omar I.
Il Santo morì l'11 marzo 638. Di lui ci rimangono molte opere, tra cui omelie, inni e cantici, degni di particolare nota sono, inoltre, un'orazione per benedire l'acqua nella festa del Battesimo del Signore e i tropari per la Grande Settimana; per questi suoi scritti e per la sua capacità di guidare il suo gregge venne considerato come bocca di Cristo.